Ingénieur Biologiste en Laboratoire H/F - CNRS

Description du Poste Les Missions L'agent sera chargé de contribuer à l'animation technique et scientifique du PT1 (Pôle Transverse Génomique Environnementale) du PEPR DYNABIOD, en appui de Lucie Zinger, responsable scientifique du pôle génomique et sous la supervision de Stephen Mulero, au Laboratoire d'Écologie Alpine. Il/elle assurera :- L'animation et la coordination au sein du réseau des partenaires du PT1, en lien avec l'ensemble des acteurs impliqués.- Le suivi rigoureux des expérimentations réalisées dans le cadre de DYNABIOD, en particulier au LECA, en appui des équipes locales.- Le développement et l'optimisation de workflows de biologie moléculaire pour traiter les échantillons des projets ciblés et du PT1.- La gestion des flux d'échantillons, la coordination entre les partenaires du PT1, et les arbitrages techniques nécessaires à la bonne exécution des projets.- Un rôle à responsabilités allant au-delà de la simple réalisation de manipulations en laboratoire. L'Activité Animation et coordination du PT1 :- Participer à l'organisation et à l'animation des activités du réseau des partenaires du PT1.- Assurer la coordination entre les partenaires pour harmoniser les pratiques et résoudre les blocages techniques.- Contribuer aux prises de décision pour les arbitrages techniques et la gestion des priorités.Suivi et optimisation des manipulations :- Superviser et assurer le suivi des expérimentations réalisées chez les partenaires, en particulier au LECA, en interaction avec la responsable scientifique du pôle et un autre agent dédié à Dynabiod et basé au CRBE (Toulouse).- Proposer des améliorations pour les protocoles de biologie moléculaire (extraction ADN, préparation de librairies, séquençage) afin d'optimiser les flux d'échantillons.- Anticiper les besoins liés à l'augmentation du volume d'échantillons à traiter.Développement méthodologique :- Adapter et optimiser les protocoles pour répondre aux exigences des projets ciblés du PEPR DYNABIOD.- Organiser et participer à des tests inter-laboratoires pour valider de nouvelles méthodes ou technologies (ex : séquençage haut débit, automatisation).- Documenter les procédures et contribuer à la rédaction de guides de bonnes pratiques et de protocoles standardisés.- Centraliser les informations relatives aux expérimentations et aux documents techniques associés.Gestion des flux et mutualisation :- Superviser la logistique (stockage ADN, gestion des équipements mutualisés, robotique).- Participer à la montée en puissance des plateformes partenaires pour répondre aux besoins du projet.Veille et collaboration :- Maintenir une veille scientifique et technologique dans le domaine de la génomique environnementale.- Représenter le PT1 dans les instances nationales dans lesquelles figure le PEPR DYNABIOD Votre Profil Compétences Savoirs :- Expertise en biologie moléculaire : - Maîtrise des techniques d'extraction ADN environnemental/ancien, PCR/qPCR/dPCR, et séquençage haut débit (Illumina, Nanopore, MGI).- Connaissance des méthodes de metabarcoding, captures UCE/exons, et construction de référentiels (génomes d'organelles).- Connaissances en écologie moléculaire : enjeux liés à la biodiversité, aux échantillons complexes (fèces, contenus digestifs), et aux ADN dégradés.- Anglais scientifique : Niveau B2-C1 (cadre européen commun de référence pour les langues).Savoir-faire :- Animation de réseau technique : Expérience en coordination multi-partenaires (laboratoires, plateformes, réseaux).- Gestion de projet : Capacité à piloter des workflows complexes et à prioriser les tâches en contexte dynamique.- Développement méthodologique : Expérience en optimisation de protocoles et en évaluation de nouvelles technologies.- Outils collaboratifs : Notions dans l'utilisation de bases de données (ex : LIMS, Collection Science, protocols.io).Savoir-être :- Esprit d'équipe : Capacité à collaborer avec des acteurs aux expertises variées.- Rigueur et organisation : Gestion multi-projets avec échéances serrées et arbitrages techniques.- Esprit d'initiative : Force de proposition pour anticiper les besoins du projet.- Adaptabilité : Réactivité face aux défis méthodologiques et aux changements de priorités. Votre Environnement de Travail Le PEPR DYNABIOD (2023-2030) vise à comprendre les dynamiques de la biodiversité terrestre via des approches intégratives, avec un rôle clé pour la génomique environnementale. Le PT1 (Pôle Transverse Génomique Environnementale), piloté par Lucie Zinger, rassemble un réseau de partenaires (LECA, CRBE, Genoscope, EcoGenO, SSM, CBGP, CEFE, etc.) pour :- Standardiser les protocoles de préparation de librairies et de séquençage haut débit (metabarcoding, référentiels, diagnostics d'interactions).- Créer un réseau distribué pour le séquençage et optimiser la mutualisation des équipements (séquenceurs, robotique, congélateurs, dPCR).- Relever les défis méthodologiques : traitement d'ADN dégradé/faible quantité, organismes non-modèles, et traitement massif d'échantillons.Ce poste contribue à l'animation du PT1 et participe à la production des livrables : protocoles validés, workflows, guides de bonnes pratiques, et formations. L'agent sera pleinement investi dans le projet, en collaboration avec la responsable scientifique et les équipes locales, pour assurer le bon déroulement des développements et anticiper les besoins futurs. Un travail en étroite interaction avec un profil similaire basé au CRBE est prévu.ENVIRONNEMENT DU POSTE :L'ingénieur sera intégré au Pôle de Génomique Environnementale du PEPR Dynabiod. Ce programme de recherche offre un cadre collaboratif d'envergure nationale impliquant de nombreux laboratoires de recherche.Le poste sera basé au Laboratoire d'Écologie Alpine (LECA : https://leca.osug.fr/) à Grenoble. Vous rejoindrez l'équipe de la plateforme eDNA « ADN environnemental » mais serez amené à intégragir régulièrement avec les autres membres du Pôle de Génomique Environnementale du PEPR Dynabiod. Contraintes et risques - Risques liés au travail sur écran- Risques biologiques et chimiques liés au travail en laboratoire, en particulier au expérimentations de biologie moléculaire. - Déplacements fréquents sur l'ensemble du territoire national pour des réunions techniques, des missions de coordination ou des formations.- Télétravail partiel possible selon les besoins du service. Rémunération et avantages Rémunération à partir de 3143,64€ bruts par mois selon expérience Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€ À propos de l'offre Référence de l'offre UMR5553-STEMUL-003 Secteur d'activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement Emploi type Ingenieur biologiste en laboratoire (H/F) Expérience souhaitée 1 à 4 années À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche

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