Thèse Étude de l'Adaptation Locale au Climat dans les Forêts de Montagne en Intégrant Génomique et Dendro-Écologie H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Grenoble Alpes École doctorale : CSV- Chimie et Sciences du Vivant Laboratoire de recherche : Laboratoire d'ECologie Alpine Direction de la thèse : CHRISTOPHE CORONA ORCID 0000000298371154 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-26T23:59:59 Les populations d'arbres forestiers présentent fréquemment de fortes signatures d'adaptation locale, où la sélection naturelle a optimisé des phénotypes maximisant la survie et la croissance sous les conditions climatiques locales. Cet ajustement évolutif fin des relations entre les gènes et le climat constitue une caractéristique largement répandue chez les espèces forestières. Cependant, les changements climatiques rapides pourraient perturber ces adaptations établies de longue date, entraînant potentiellement une diminution de la valeur sélective des populations et une augmentation de leur vulnérabilité.
Malgré son importance écologique et évolutive, l'adaptation locale au climat reste encore insuffisamment comprise chez les espèces arborées des montagnes européennes. Ce projet vise à étudier comment l'adaptation climatique locale influence la variation des traits liés à la fitness chez les cinq principales espèces d'arbres des forêts de montagne européennes : Fagus sylvatica, Pinus sylvestris, Picea abies, Abies alba et Larix decidua.
Le projet combinera la dendroécologie, la génomique des populations et des approches avancées de modélisation statistique afin de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents à l'adaptation aux climats hétérogènes des environnements montagneux. La mission du/de la doctorant·e consistera à étudier les mécanismes d'adaptation locale au climat chez cinq espèces dominantes des forêts de montagne européennes en combinant approches de dendroécologie, génomique des populations et modélisation statistique. Le travail reposera sur l'analyse conjointe de données de croissance issues des cernes des arbres, de données climatiques et de données génomiques afin de mieux comprendre comment les populations forestières répondent aux variations environnementales. Le/la doctorant·e participera à l'ensemble des étapes du projet, depuis le travail de laboratoire (extraction d'ADN, préparation de librairies de séquençage) jusqu'aux analyses bioinformatiques et statistiques de grands jeux de données. Une attention particulière sera portée au développement et à l'application de méthodes innovantes, notamment des modèles d'analyse de médiation permettant d'identifier les bases génétiques de l'adaptation climatique. Le projet s'inscrit dans un environnement fortement collaboratif associant plusieurs laboratoires et chercheurs en écologie, génomique et sciences forestières.

Les compétences recherchées incluent une solide maîtrise des concepts et des méthodes en biologie évolutive, en particulier en génomique des populations. Une appétence marquée pour le travail de terrain comme pour les activités en laboratoire est également attendue. Le ou la candidat(e) devra être à l'aise avec les outils bio-informatiques nécessaires au traitement des séquences d'AND et des données dendro-écologiques, et savoir utiliser le logiciel R (ou un équivalent) pour l'analyse de données génétiques. Une curiosité intellectuelle prononcée et une forte motivation à progresser rapidement dans les domaines moins maîtrisés, avec l'accompagnement du directeur de thèse, seront particulièrement valorisées.