Thèse Pouvoir Pronostique des Tissus Péritumoraux H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Grenoble Alpes École doctorale : ISCE - Ingénierie pour la Santé la Cognition et l'Environnement Laboratoire de recherche : Biologie et Biotechnologie pour la Santé Direction de la thèse : Laurent GUYON ORCID 0000000276742348 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-19T23:59:59 Dans une précédente thèse soutenue fin 2025, nous avons montré de façon inattendue que les tissus péritumoraux des cancers rénaux à cellules claires (i.e. les tissus du même organe et adjacents à la tumeur) diffèrent des tissus sains. De plus, nous avons montré que l'expression des gènes des tissus permettent de mieux prédire l'agressivité du cancer que ceux de la tumeur elle-même ! A l'aide d'analyses rigoureuses de nombreux jeux de données de séquençage publiques, à l'échelle du tissu mais aussi de la cellule unique, nous avons montré que les tumeurs agressives sont bordées de tissus inflammés, avec de nombreuses cellules immunitaires.Ces travaux soulèvent de nombreuses questions que ce projet de thèse en bioinformatique propose d'investiguer :
1. L'état inflammatoire des tissus péritumoraux dépend-il directement de la présence de la tumeur ?
De façon associée, l'intensité de l'inflammation varie-t-elle en fonction de la distance à la tumeur ? Pour cela, le projet bénéficie de la collection de tissus prélevés par l'hôpital Saint Louis pendant la thèse précédente.
2. Quel est l'effet des traitements d'immunothérapie sur les tissus péritumoraux ?
L'immunothérapie, en modulant le système immunitaire, pourrait remodeler non seulement le microenvironnement tumoral mais également les tissus adjacents. Il est donc essentiel de caractériser la nature et la dynamique des changements cellulaires et transcriptomiques induits dans ces tissus.
3. Quelles sont les caractéristiques phénotypiques et transcriptionnelles des cellules immunitaires présentes dans les tissus péritumoraux ?
Il s'agira de comparer ces cellules à celles issues du sang périphérique et de la tumeur, afin d'identifier d'éventuelles populations spécifiques ou des états cellulaires intermédiaires pouvant influencer la réponse immunitaire antitumorale.
4. Existe-t-il un lien entre les altérations génétiques des tissus péritumoraux et leur état inflammatoire ?
La présence de mutations somatiques ou de modifications épigénétiques pourrait contribuer à la dérégulation locale des voies inflammatoires, à l'instar de ce qui est observé dans certains tissus prémalins.
Les 3 premiers points seront une poursuite de la collaboration existante avec Joël Le Maoult et Clément Dumont (CEA/hôpital Saint Louis, Paris), et le 4ème point une collaboration nouvelle avec l'équipe de Matthieu Foll (IARC, Lyon).

Ce projet de thèse vise à revisiter la frontière entre tissu sain et tissu tumoral, en positionnant le tissu péritumoral comme un acteur à part entière de la cancérogenèse et de la réponse immunitaire.
Les résultats attendus pourraient conduire à :
- Une meilleure compréhension des mécanismes de résistance aux immunothérapies.
- L'ouverture de nouvelles pistes thérapeutiques ciblant non seulement la tumeur, mais aussi les tissus adjacents qui la soutiennent.
En somme, cette thèse s'inscrit dans une approche innovante et intégrative de la biologie des cancers, à la croisée de la recherche fondamentale et de la médecine translationnelle. Pronostique de patients atteints de cancer à l'aide de données omiques de tissus péritumoraux. Recherche de mécanismes associés.

Les tissus péritumoraux sont encore trop souvent considérés à tord comme des tissus normaux adjacents. Dans les travaux de la thèse précédente, nous avons montré pour le cancer du rein à cellules claires (comme cela avait été démontré pour d'autres cancers) que ces tissus ne sont pas normaux et qu'ils ont également un pouvoir pronostique. Un grand champ de connaissance s'ouvre ainsi sur l'interaction entre tumeur et tissus adjacents, ainsi que sur le pouvoir pronostique des tissus péritumoraux.

M2 ou équivalent en bioinformatique
Intérêt pour la biologie et la recherche sur le cancer
Capacité de vulgarisation (environnement multidisciplinaire)