Thèse Caractérisation Structurale et Fonctionnelle du Facteur de Transcription du Virus Respiratoire Syncytial dans les Fabriques Virales et In Vitro H/F - 38

Établissement : Université Grenoble Alpes
École doctorale : CSV- Chimie et Sciences du Vivant
Laboratoire de recherche : Institut de Biologie Structurale
Direction de la thèse : Irina GUTSCHE ORCID 0000000219083921
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-09T23:59:59

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est la principale cause de bronchiolite et de pneumonie infantiles. Il représente également un fardeau important mais souvent sous-diagnostiqué chez les populations âgées vulnérables, contribuant de manière significative à la morbidité et à la mortalité hivernales traditionnellement attribuées à la grippe. Malgré plus de 60 ans de recherche, les progrès vers des contre-mesures efficaces ont été lents ; ce n'est qu'à la fin de l'année 2023 que les premiers vaccins, destinés aux personnes âgées et aux femmes enceintes, ont été introduits. Toutefois, aucune option vaccinale n'est disponible pour de larges segments de la population, notamment les nourrissons et les jeunes enfants. De plus, aucun antiviral direct n'est actuellement disponible, et la prise en charge clinique repose donc essentiellement sur des soins de support. Il est ainsi essentiel d'approfondir notre compréhension de la multiplication du VRS au sein des cellules infectées afin de permettre le développement rationnel de nouvelles stratégies thérapeutiques. Le génome du VRS est un ARN simple brin de polarité négative, enrobé par la nucléoprotéine virale N au sein d'une nucléocapside hélicoïdale, qui sert de matrice à la transcription et à la réplication assurées par la polymérase virale L et ses cofacteurs - la phosphoprotéine P et le régulateur de transcription M2-1, spécifique du VRS. Ensemble, les NCs, P, L et M2-1 forment des particules ribonucléoprotéiques (RNPs) hautement dynamiques, qui constituent l'unité infectieuse minimale du virus. Une fois dans le cytoplasme de la cellule infectée, les RNPs subissent une séparation de phase avec certaines protéines de l'hôte pour former des organites spécialisés appelés fabriques virales (VFs), dédiées à la multiplication des RNPs. L'un des objectifs des laboratoires partenaires proposant ce projet de thèse est de comprendre comment les VFs se forment, effectuent la transcription et de la réplication du génome du RSV, mûrissent et se désassemblent au cours du cycle viral. L'accent spécifique de cette thèse portera sur le régulateur de transcription M2-1, formant des sous-compartiments avec les ARNm viraux à l'intérieur des VFs. À l'interface de technologies d'imagerie avancées, de la biochimie et de la virologie, ce projet de thèse vise à comprendre comment, alors que N et M2-1 présentent toutes deux une forte propension à interagir avec l'ARN, N n'encapside que les antigénomes et les génomes, tandis que M2-1 se condense sélectivement avec les ARNm viraux, et élucider la manière dont M2-1 est régulé par des modifications post-traductionnelles et des interactions protéine-protéine. La détermination des mécanismes moléculaires d'action de ce régulateur de transcription, unique au RSV, comblera une lacune critique dans notre compréhension du cycle d'infection du VRS.

L'étudiant/e travaillera entre les groupes MICA (Microscopic Images of Comples Assemblies, IBS, Grenoble) et BMP (Biologie moléculaires des Pneumovirus, VIM, Jouy-en-Josas), qui collaborent étroitement depuis plusieurs années. Les thématiques d'intérêt du groupe MICA s'articulent autour de l'obtention par cryo-microscopie et tomographie électroniques (cryo-EM et cryo-ET) des informations structurales sur des complexes macromoléculaires pour permettre une meilleure compréhension fonctionnelle de l'infection virale et des processus cellulaires. Le groupe BMP est expert en virologie moléculaire et biochimie du VRS.Mieux comprendre le fonctionnement des fabriques virales du VRS, en se focalisant sur le facteur de transcription M2-1, spécifique à ce virus.L'étudiant/e utilisera des outils de virologie, une panoplie de méthodes biochimiques, la cryo-microscopie électronique des particules isolées, ainsi que l'imagerie cellulaire par microscopie de fluorescence et microscopie électronique. Il/elle contribuera à la mise en place de la microscopie correlative à températures ambiante et cryogénique, dans le but de visualiser en 3D, dans la cellule, les fabriques virales et plus particulièrement leurs sous-compartiments, uniques au VRS, qui concentrent M2-1 et les ARN messagers viraux et dont le rôle exacte reste à élucider. Il/elle charactérisera la régulation de M2-1 et ses intéractions avec des ARN messager viraux et avec des partenaires protéiques par des méthodes biochimiques et biophysiques, et effectuera des tests fonctionnels en cellule et in vitro. Il/elle déterminera les structures 3D des complexes pertinents par cryo-microscopie électronique.