Chercheuse-Chercheur - Iab H/F - 38

L'IAB «Institut pour l'Avancée des Biosciences» est un centre de recherche de renommée internationale dans le domaine de la recherche biomédicale fondamentale et translationnelle, qui héberge 18 équipes et groupes de recherche multidisciplinaires (350 personnes). L'objectif commun aux scientifiques de l'IAB est de comprendre comment l'environnement façonne les systèmes biologiques, c'est-à-dire les mécanismes fondamentaux par lesquels l'épigénome, la plasticité cellulaire et tissulaire se reprogramment sous l'influence de leur environnement chimique, métabolique, physique, cellulaire, microbiotique et immunologique.

L'objectif partagé par toutes les équipes de l'IAB est d'améliorer la santé humaine en comprenant mieux comment l'environnement, à toutes les échelles, de la molécule à la population, façonne le développement et le devenir des systèmes biologiques. Pour y parvenir, l'IAB développe une stratégie scientifique basée sur une combinaison unique d'expertises scientifiques couvrant l'ensemble du continuum biologique, des molécules aux populations.Missions principales

-Réaliser des études structurales de la tête du spermatozoïde par tomographie cryo-électronique (cryo-ET).

-Déterminer la localisation des protéines, analyser l'architecture moléculaire de l'acrosome et étudier les interactions protéiques.

-Mettre en oeuvre l'intégralité du flux de travail cryo-ET : préparation des échantillons, vitrification, usinage par cryo-FIB (cryo-FIB milling), acquisition des données, traitement des images et interprétation structurale.

-Travailler en étroite collaboration avec la ligne de lumière cryo-EM de l'ESRF (CM01).

Activités principales
-Préparer des échantillons de spermatozoïdes pour la cryo-ET (vitrification, cryo-FIB milling).
-Acquérir des séries d'inclinaison (tilt series) sur microscope Titan Krios.
-Traiter les données et reconstruire les tomogrammes à l'aide de logiciels standards et de pointe.
-Interpréter l'architecture cellulaire 3D et l'intégrer à des données complémentaires.
-Concevoir les expériences, gérer les jeux de données et assurer la tenue de la documentation.
-Garantir la traçabilité des workflows et contribuer aux rapports ainsi qu'aux productions scientifiques.
Spécificité(s) et environnement du poste
-Travail en étroite collaboration avec la ligne de lumière cryo-EM de l'ESRF (CM01).
Connaissances
-Principes de la cryo-ET, instrumentation et contraintes liées à la préparation des échantillons.
-Bonne compréhension des algorithmes de traitement d'images en cryo-ET.
-Des connaissances en biologie cellulaire et en ultrastructure des cellules eucaryotes constituent un plus.
Savoir-faire
-Compétences pratiques en préparation d'échantillons cryo-EM/ET par vitrification.
-Une expérience pratique en cryo-FIB milling, préparation ciblée de lamelles et workflows corrélatifs constitue un atout (formation assurée).
-Maîtrise du fonctionnement de microscopes électroniques haut de gamme (formation assurée).
-Capacité à gérer des pipelines complexes de traitement d'images avec un contrôle strict des métadonnées.
-Aptitude à résoudre des problèmes liés à des logiciels et algorithmes complexes de cryo-ET.
Aptitudes
-Autonomie et capacité à gérer un workflow complet.
-Excellentes compétences de collaboration avec les collègues de la ligne de lumière et les partenaires externes.
-Adaptabilité dans un domaine méthodologique en évolution rapide.
Expérience(s) souhaité(s)
-Expérience démontrée en cryo-ET ou cryo-EM (niveau doctorat ou postdoctorat).
-Une expérience préalable en cryo-FIB milling est fortement souhaitée.
-Une expérience sur des cellules de mammifères ou des systèmes structuraux complexes est un avantage.