CDD - Ingénieur Chercheur en Traitement d'Image H/F - 38

Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.

Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.

Implanté au coeur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.

Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :

- La conscience des responsabilités
- La coopération
- La curiositéLe laboratoire a récemment développé HoloPhase3D, un microscope holographique 3D qui permet d'observer et de suivre en temps réel le développement d'objets biologiques complexes et multi-diffusant (tels que des embryons de souris et des organoïdes). Ce microscope est associé à des algorithmes multicouches pour la reconstruction d'images en 3D et à des algorithmes d'analyse basés sur l'IA pour la segmentation automatique des cellules ainsi que de certaines structures intracellulaires. Toutefois, la segmentation des structures spécifiques (par exemple les noyaux cellulaires) reste encore un défi majeur en imagerie de phase, car la résolution en z et le contraste limité ne permettent pas une définition robuste des contours.

Dans ce contexte, le microscope actuel sera enrichi d'une voie optique en épifluorescence, afin de visualiser les structures intracellulaires avec des marqueurs fluorescents. Pour la mise en place de l'analyse, vous serez responsable de développer des réseaux de neurones dédiés à la détection et segmentation de différentes structures marquées en fluorescence en 3D, et à la quantification des métriques associées en imagerie de phase.

Plus précisément, votre mission consistera à :
Concevoir et développer des algorithmes d'IA pour la coloration virtuelle des images de phase à partir des images obtenues en fluorescence
Appliquer ces nouveaux algorithmes sur des time-lapse d'images acquises sans marquage, afin de valider leur efficacité dans le temps et réaliser des analyses morphologiques.
Proposer des pistes d'amélioration pour optimiser les performances des algorithmes et leur intégration dans le code d'analyse existant.